M.S. 767-1217 yılları arasında bir Türkmen kabilesinin elinde bulunan Seydişehir’in Selçuklular zamanındaki durumu ile ilgili bilgiler net değildir. Anadolu Selçuklu Beylikleri devrinde Eşrefoğulları Beyliği elinde kalan Seydişehir bu isimle ilk defa bu beylik zamanında kurulmuştur. Rivayete göre,Horasan emiri olan ve annesi tarafından soyu Veysel Karani ve Peygamber’e uzanan bir velî ve seyyid olan Seyyid Harun Veli Hazretleri, 1301 yılında ilahi bir emirle, kardeşi Seyyid Bedreddin ve ahalisi ile birlikte yola çıkar. Bugün Hatunsaray denilen yerde kerdeşi hastalanarak vefat eder ve buraya defnederek bir türbe yaptırır. Yoluna devam eden Seyyid Harun Veli, şimdiki Seydişehir’in olduğu yere gelince yolu boyunca kendisine rehberlik eden bulut Küpe Dağı’nın ardında kaybolur ve kendisine işaret edilen yerin orası olduğunu anlar. İlk iş olarak oraya bir cami yaptırır. O zamanki adı "Trogitis" olan Seydişehir’in imarındaEşrefoğlu Mehmed Bey kendisine malzeme yardımında bulunur. Bu yardımlaşma neticesinde aralarında büyük bir dostluk oluşur. O zamanki adı “Süleymanşehir” olan Beyşehir’e ilk defa “Beyşehir” diyen Seyyid Harun Veli’dir. Eşrefoğlu Mehmed Bey de Seyyid Harun’un kurduğu yeni şehre “Seyyid Şehri” Osmanlılar zamanında Medine-i Sani (ilahi emirle kurulan ikinci şehir) (sonradan Seydişehir) adını verir. Seydişehir, Eşrefoğulları Beyliği’nin İlhanlı Hükümdarı Timurtaş tarafından 1326 yılında sona erdirilmesinden sonra, 1328 yılında Hamitoğulları Beyliği egemenliğine girmiştir. 1381 yılında Sultan I.Murat (Hüdavendigâr) tarafından 80.000 altın karşılığında Hamitoğlu Hüseyin Bey’den Akşehir, Beyşehir, Yalvaç, Şarkikaraağaç ve Isparta ile birlikte satın alınarak Osmanlı egemenliğine giren Seydişehir, Cumhuriyete kadar Osmanlı idaresinde kalmıştır. Konya Sancağına bağlı bir kaza olan Seydişehir 1871 yılında belediye, 1915 yılında da ilçe olmuştur. Cumhuriyet kurulduktan sonra 1928 yılında tekrar ilçelik unvanına kavuşur.